帕萨特b5副水箱水位超过上限会有问题吗?

有可能存在问题。

我这么说是因为有可能水受热溢出后使电路出现短路等问题，车在设计时就考虑了这一点。

帕萨特副水壶有声音是什么原因造成

主、副水箱是相通的。在这两个水箱的水都加满的状态下发动机温度升起来时，冷却水体积膨胀主水箱的水就往副水箱里流，副水箱本身就装满了水，盛不下的水就通过溢水管排出。反之，停车以后，水温下降，冷却水体积相对缩小，副水箱的水被吸入到主水箱里了，这时你所看到的就是副水箱的水消耗比较大的现象了。